La storia delle casse malati inizia nella seconda metà del 19ᵒ secolo quando, con l'avanzare dell'industrializzazione, imprese, associazioni professionali o autorità comunali cominciano a fondare numerose piccole società di mutuo soccorso attive a livello locale o regionale. A partire dagli anni 1860 questi istituti, che offrono una copertura minima contro i rischi di malattia, invalidità e decesso, si diffondono rapidamente, aumentando anche di dimensione: se nel 1865 in tutta la Svizzera vi sono 632 società di mutuo soccorso con una media di 150 membri ciascuna, alla fine degli anni 1880 se ne contano già più di 1000 con una media di 200 membri ciascuna. Sul totale della popolazione le persone assicurate sono meno del 5 per cento, mentre nelle regioni industrializzate, come i Cantoni di Glarona, Zurigo o Basilea Città, la percentuale sale fino al 25 per cento. A partire dagli anni 1890, un numero sempre maggiore di istituti si specializza nel settore dell'assicurazione contro le malattie, segnando la nascita delle casse malati nella forma che conosciamo oggi.

Alla fine del 19ᵒ secolo, il panorama delle casse malati è estremamente variegato. Molti istituti si concentrano su una cerchia di membri ben precisa: gli istituti sindacali su una determinata categoria professionale, quelli privati sui dipendenti di un'impresa, le casse comunali e regionali sulla popolazione dei rispettivi territori e le casse cattoliche sulle persone di questa confessione. In generale, il principio alla base degli istituti è quello di un'associazione cooperativa tra un gruppo delimitato di persone. Sono poche le casse organizzate a livello sovraregionale o nazionale. Solo nel corso del 20ᵒ secolo avrà luogo un processo di concentrazione che porterà alla formazione di casse malati più grandi e sempre più sovraregionali, concepite maggiormente come imprese di assicurazione commerciali.

Intorno al 1900, più della metà delle casse malati si limita a fornire indennità salariali, mentre nella maggior parte dei casi le cure mediche sono a carico delle lavoratrici e dei lavoratori stessi. Il passaggio da un istituto a un altro è difficile: molte casse impongono soglie d'entrata proibitive e non esistono regole per il libero passaggio. Per ovviare a questo problema, alla fine del 19ᵒ secolo diverse casse malati si uniscono in associazioni regionali o cantonali, che a loro volta concludono accordi a livello nazionale: nel 1891 il Konkordat der Schweizerischen Krankenkassen per la Svizzera tedesca, nel 1893 la Fédération des sociétés de secours mutuels de la Suisse romande e nel 1921 la Federazione ticinese delle casse malati; nel 1985 le tre federazioni si uniranno per costituire l'organizzazione mantello degli assicuratori malattia svizzeri (dal 2002 santésuisse).

A partire dal 1900, le casse malati incidono sempre più sul reddito dei medici. In diverse parti del Paese esse concludono con le società mediche convenzioni tariffali collettive che regolano le tariffe delle prestazioni mediche.

Gli sforzi statali per introdurre a livello nazionale un obbligo assicurativo contro le malattie sono accolti con scetticismo da molte casse malati, che temono di perdere la propria autonomia a causa dell'intervento statale. I progetti di istituzioni statali centrali incontrano talvolta riserve di stampo federalista. L'opposizione delle società di mutuo soccorso concorre, nel 1900, alla schiacciante sconfitta subita alle alle urne dalla prima legge federale sull'assicurazione contro le malattie e gli infortuni (LAMI). Nella versione riveduta del 1912, la LAMI si limita pertanto a concedere sussidi federali ai Cantoni e ai Comuni che introducono sul proprio territorio un'assicurazione contro le malattie obbligatoria.

Questa decisione si rivelerà determinante per lo sviluppo delle casse malati: nei decenni successivi l'assicurazione contro le malattie rimarrà essenzialmente fondata su base privata. Sebbene infatti diversi Cantoni emanino leggi sull'obbligo assicurativo (a cominciare da Basilea Città nel 1914 sino ad arrivare a quasi la metà dei Cantoni alla fine degli anni 1920), questo è perlopiù imposto solo alle persone con un reddito molto modesto. La stragrande maggioranza della popolazione continua ad assicurarsi privatamente o rinuncia del tutto alla copertura contro le malattie. In ultima analisi, le casse malati traggono vantaggio anche dall'introduzione dell'obbligo. Esse si oppongono infatti con successo alla creazione di casse pubbliche, che vedono la luce solo in rari casi (p. es. nel Cantone di Basilea Città), cosicché l'assicurazione obbligatoria rimane generalmente una prerogativa esclusiva degli istituti privati. Nel 1935, alla fine di questa prima fase di estensione, l'assicurazione contro le malattie arriva a coprire quasi la metà della popolazione.

Con il forte sviluppo delle casse malati, il rapporto di potere tra le società mediche e le associazioni delle casse malati si sbilancia sempre più a favore delle ultime. Durante la crisi economica mondiale degli anni 1930 scoppiano aspre dispute tariffarie, che si protraggono fino alla Seconda Guerra mondiale. Durante il periodo bellico, medici e casse malati dibattono inoltre su riforme sostanziali della sanità pubblica, influenzati non da ultimo dalla pubblicazione nel 1942 del rapporto Beveridge, che chiede un importante ampliamento dello Stato sociale britannico, riscuotendo consensi a livello internazionale. Nel 1941, le associazioni delle casse malati propongono la concentrazione delle assicurazioni sociali svizzere, che prevede la creazione di un'assicurazione sociale nazionale che racchiuda anche tutti i rami assicurativi non ancora istituiti: indennità di perdita di guadagno, assicurazione contro la disoccupazione, assicurazione contro le malattie, assicurazione per la vecchiaia e i superstiti nonché assicurazione invalidità (l'INSAI, già esistente, è l’unico istituto a non essere interessato). Nel 1943, il Consiglio federale respinge sia questa proposta che il modello del rapporto Beveridge, considerandolo incompatibile con l'ordinamento dello Stato sociale svizzero, federalistico e basato sugli assicuratori privati.

Dopo la Seconda Guerra mondiale le casse malati vivono un periodo di costante crescita e contemporaneamente attraversano un processo di concentrazione: tra il 1940 e il 1980 il numero di persone assicurate aumenta di oltre il triplo, passando da circa due a quasi sette milioni, mentre il numero di casse si dimezza. La diffusione dell'assicurazione contro le malattie rispecchia il miglioramento delle condizioni di vita nel Dopoguerra e lo sviluppo generale delle assicurazioni ad esso connessa (Ciffre).

Nella seconda metà del 20° secolo, l'assicurazione contro le malattie è segnata da un costante aumento dei costi. Lo sviluppo del settore sanitario e la crescente domanda di prestazioni mediche incidono anche sulle finanze delle casse malati. Nei Cantoni in cui vige l'obbligo assicurativo le autorità impongono spesso un limite all'ammontare dei premi, cosicché le casse malati non possono adeguare le tariffe alle crescenti spese e molte registrano deficit strutturali. Per questo motivo, con la revisione parziale della LAMI del 1964 i sussidi federali concessi alle casse vengono notevolmente ampliati.

Alla fine degli anni 1960, la richiesta di un obbligo assicurativo contro le malattie a livello nazionale torna al centro dell'agenda politica, in seguito a un'iniziativa popolare lanciata dal Partito socialista (PS) in materia. Le casse malati e i medici si accordano su un controprogetto, appoggiato anche in Parlamento, che prevede un obbligo di contribuzione ma non di assicurazione. Nel 1974 entrambi i progetti vengono bocciati in votazione popolare con una netta maggioranza. Il persistente aumento dei costi della salute innesca un meccanismo di "scaricabarile": per motivi di risparmio, la Confederazione pone un tetto massimo ai sussidi concessi alle casse malati; queste aumentano sostanzialmente i premi assicurativi negli anni 1980, finendo però così nel mirino della critica dell'opinione pubblica. I dibattiti sulle possibili riforme ruotano sempre più attorno a proposte di risparmio nell'assicurazione contro le malattie, provenienti non da ultimo dagli assicuratori stessi. Dopo un tentativo fallito nel 1987, la legge federale sull'assicurazione contro le malattie (LAMal) del 1996 riesce non solo ad introdurre l'obbligo assicurativo a livello nazionale, ma anche a creare le basi legali per diversi strumenti volti a contenere i costi dell'assicurazione contro le malattie. Di conseguenza le casse malati iniziano a potenziare la propria offerta assicurativa, per esempio con modelli ampliati di partecipazione ai costi di cura da parte delle persone assicurate (franchigia): più alta è la franchigia annua scelta, più bassi sono i premi da pagare. Un'altra novità è l'introduzione di modelli che limitano la scelta dei fornitori di prestazioni, prevedendo per esempio una scelta ristretta del medico con il modello del medico di famiglia o quello HMO (modelli «managed care»); anche in questo caso l’obiettivo è una riduzione dei premi. In tempi più recenti, la sinistra ha chiesto l'introduzione di una cassa malati pubblica unica, per esempio attraverso un'iniziativa popolare lanciata dal PS insieme al partito dei Verdi e respinta alle urne nel 2007. La motivazione alla base di questa proposta è di ridurre l'onere amministrativo e di eliminare la concorrenza tra le casse malati per aggiudicarsi gli assicurati con rischi di salute minori. Le casse malati e i partiti borghesi criticano questo modello per l'eccessivo centralismo e per il ruolo troppo influente dato allo Stato. 

> L'assicurazione contro le malattie in cifre